随着经济的发展，两岸的贸易往来不断加强，这就要求有较好的运输。中国福建省交通运输厅厅长李德金指出，福建省将大力发展航运业，在厦门、福州港设立海峡航运中转基地，兴建两岸航运中心、物流集散基地。
李德金表示，福建省将为建构福州、厦门国际航运枢纽港，引进境外大型航商入驻福建省佰口及投资开发港区，在厦门、福州港设立海峡航运中转基地，成为台湾海峡航运枢纽。
福建省交通运输厅指出，2008年底两岸大三通以来，福建及台湾海上直航先后开通福州、厦门、泉州等港口至高雄、基隆、台中等港口集装箱定期班轮航线七条，八家公司13艘船舶参与营运。
另外，开通福州、厦门、泉州、宁德、莆田等港口至基隆、台北、高雄、台中、花莲、布袋、金门、马祖、澎湖等散杂货不定期航线20条，22家公司29艘船舶参与营运。
福建省交通运输经济形势分析会日前召开时，李德金指出，福建省将加大对港口的投资，力争2015年前港口新建吞吐能力超过2亿吨，2012年形成福州、湄洲湾、厦门三个亿吨港。
2011年至2015年间，福建省将争取佰口年均投资近人民币100亿元(约新台币481亿元)，加强福州、厦门等港口、航道和集疏运通道建设，加大投入港口公用基础设施。加快枢纽场站建设，到2012年新建公路、港口客运站18个、物流场站10个。
福建省交通运输厅厅长李德金说，福建省要依托福州港务集团、湄洲湾港口开发公司、厦门港务控股集团三大主体，开发福州、湄洲湾、厦门三大港，建设现代化港区，调整设置“一关三检”等机构。
近期福建省将完成湄洲湾港口移交等任务，年底前完成福州宁德港口集成。福建是中国海岸线最长省份，深水港的资源雄厚。
截至2008年底，福建省沿海港口共有391个码头泊位，其中万吨级以上有10个，年吞吐量达2.3亿吨。
