重庆保税区开发管理有限公司副总经理黄曲在与重庆企业交流会上披露，重庆寸滩保税港区的功能和有关税收、外汇政策按国务院批准要求，比照上海洋山保税港区实行优惠政策。保税港区对首批入驻企业实行半年免租、2年优惠等地方性优惠政策即将出台。
重庆海关监管通关处处长周俊解释，在税收方面凡国内货物进入保税港区视同出口，实行退税。比如重庆渝北区2.37平方公里的两路保税港区围网封关后，重庆空港工业园区的货物进入到保税港区，就可以享受退税政策。对于国外货物进入保税港区保税，海关暂缓征收货物进口关税、增值税和消费税等税费等。如美国、日本、印度等国外货物通过航空运到保税港区，不论货物量的多少，都保留税收征收权，暂不征税。而保税港区区内货物进入国内销售，则按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物出境出关的实际状态征税。
若货物是一次性进入保税港区，而分10次或20次运输出区，其税收也按其实际状态10次或20次征收，企业纳税时间缩短、资金调度成本降低、并可获取国内外市场价差机会。此外，保税港区围网范围内的企业之间的货物交易不征收增值税和消费税。保税港区内实行24小时监管通关，长假可预约通关，分送集报，并可根据企业诚信度分类通关提供快捷服务。
保税区管委会主任包子川表示，重庆保税港与全国其它11个保税港区所不同的不仅仅是「水港+空港」的一区双功能保税港，同时也是离地方中央商务区最近的保税港区，国家对保税区规定的特殊监管优惠政策、西部大开发优惠政策、重庆直辖市优惠政策和重庆两路保税港1期今年年底将达到封关预验收条件，具备保税港区基本运行条件。
