虽然看起来进出口木箱包装没有存在任何问题，其实并非这样！在新的经济形势下，进出口木箱包装的检验检疫工作呈现出新的特点，也带来一些新的问题和挑战。其中，木包装箱进出口检验检疫工作很是混乱，“浑水摸鱼”问题严重。
无加施IPPC标识木箱混在有标识木箱中。2012年2月20日，查验人员在对一批原产国是意大利、申报数量为11个，名称为中木箱的木制包装箱，装载于3个40英尺集装箱内。对该批木制包装箱实施现场查验时发现，其中一个集装箱内的木制包装箱无IPPC标识，其余两个集装箱内木制包装箱有IPPC标识。查验人员依据要求对该批木制包装箱扦取样品后，对无IPPC标识的木制包装箱实施卫生除害处理。
这种现象主要在货物装运环节需要加固、木制包装箱需要进行再维修或者转港需要重新更换木制包装箱的情形中出现较多。
输出国家或地区不一致。2012年1月7日，查验人员在对一批原产国为德国、申报数量为14个、名称为天然木托的木制包装箱实施查验时发现，从木制包装箱施加的IPPC标识判断，该批木制包装箱来自四个欧盟国家，分别是德国、法国、比利时和荷兰，且部分木制包装箱比较陈旧。对该批木制包装箱扦取样品后，分别检测出活体小杆线虫和活体滑刃线虫。
这种现象主要在来自欧盟成员国的木制包装箱中出现较多，其主要原因在于全球化采购背景下涉及货物原产地、代理分销商、跨国采购以及大区采购等国家和地区较多。
木制包装箱材质的“混搭”。2011年12月14日，查验人员在对一批原产国为泰国、申报数量为80个、名称为天然木托的木制包装箱实施现场查验时发现，该批木制包装箱多数连接托盘上部和下部的木墩为针叶木材质，而木托的其余部分为阔叶木材质。查验人员对部分木墩扦取样品，检出活体小杆线虫。
这种现象表现在针叶木材和阔叶木材同时存在于同一批木制包装箱或同一个木制包装箱中，主要发生于木制包装箱进行再维修或更换木制包装箱的过程。
木制包装箱新旧不一。2011年11月9日，查验人员在对一批原产国为意大利、申报数量为22个、名称为小木箱的木制包装箱进行现场查验时发现，该批木制包装箱中的10个木箱外观陈旧，经常用于叉车承托的部分已经毁坏；其余12个木箱，外观虽不陈旧，但仍有使用过的痕迹；该批木制包装箱的IPPC标识有三种不同的热处理企业编号。经仔细查验，未发现有活虫危害迹象，分别对这两种木制包装箱扦取样品，检出活体小杆线虫。
这种现象在来自欧美国家的木制包装箱中出现较多，主要是由于欧美国家对木制包装箱建立了比较完善的回收利用制度。
IPPC标识样式不统一。这种情况较为复杂，有的是伪造的IPPC标识、有的是塑料卡片或纸质IPPC标识、有的IPPC标识直接喷印在货物上、有的IPPC标识缺乏必要信息等不符合要求的情况。
